Москва и Петербург пошли не в ногу со страной. В обеих столицах хорошие результаты показала Ирина Хакамада. В Москве она получила «серебро». Здесь претендентка набрала 8,18% (336 484 голосов), а Харитонов только 7,38% (303 757 голосов). Лишь самые неблагополучные рабочие окраины возложили свои надежды на коммунистов.
Опубликованные Центризбиркомом предварительные результаты выборов свидетельствуют, что Хакамаду поддержали почти все центральные районы Москвы: Арбат (14,73%), Хамовники (12,71%), Мещанский и Красносельский районы (11,53% и 11,34 соответственно), Замоскворечье (11,11%). В престижных северо-западных районах у экс-лидера СПС также очень неплохой результат: Сокол (13,81%), Аэропорт (12,47%), Беговая (12,34%), Хорошевский район (11,12%). На юго-западе порадовали демократов Дорогомилово (14,19%), проспект Вернадского (10,79%), Гагаринский район (14,65%), Коньково (10,89%) и Теплый Стан (10,53%).
Пролетарские окраины дружно голосовали за Путина и Харитонова. На востоке Москвы, в Косино-Ухтомском районе, кандидат от КПРФ получил в два раза больше голосов, чем Хакамада – 10,11 и 5,21 процента соответственно. Моложаниновский район САО также предпочел Харитонова, отдав ему 9,22% (а Хакамаде лишь 4,02%). В других периферийных округах представитель Компартии на доли процентов обгонял экс-лидера СПС.
Северная столица последовала за остальной Россией и второе место отдала Харитонову – 7,39% (154 124 голосов), поставив либерального кандидата на третье место – 6,74% (140 669 голосов). Тем не менее интеллигентский «старый Питер» голосовал именно за Хакамаду (Центральный район – 10,63%, Петроградский – 9,31%, Василеостровский – 8,61%, Адмиралтейский – 8,37%). В общем хоре, однако, эти голоса заглушила периферия, отдавшая предпочтение коммунистическому кандидату.