Наиболее философичным моментом в трилогии «Матрица» является заключительный эпизод третьей части – диалог Пифии и Архитектора о судьбе Зиона и самой Матрицы. Нео, принесенный в жертву для снятия противоречия матричного уравнения, одним из следствий чего явилась вышедшая из-под контроля программа «Смит», выступил тем божественным средством, которое оказалось непригодным для оправдания высшей цели – самооправдания Матрицы. Если Архитектор – это аватара огромной летающей головы, Безграничного Божества, Источника, порождающего таких, как Архитектор, то что является деперсонализированным эпицентром Матрицы в качестве первого самооправдания, отрицающего принцип матричной матрешки, который паразитирует на бесконечной редукции.
Как известно, мир машин в «Матрице» не контролирует всю Землю, а тем более космическое пространство. Когда корабль «Логос» с Тринити и Нео взмывает поверх грозовых туч, они застают Солнце, которое продолжает нести свет истины. Мини-Матрица внутри Макси-Матрицы – это отработанные программы, предстающие в виде инопланетян, привидений и других «паранормальных» явлений. Однако мир машин не может быть застрахован от существования Сверх-Матрицы, частью которой он рискует оказаться.
Главные философские проблемы, спровоцированные «Матрицей», можно свести к двум вопрошаниям о том, как возможно создать симуляцию контроля целого, будучи частью, и как избежать комплекса матричной матрешки, то есть оправдать конкретный тип матричности в качестве наилучшего из всех возможных.