На территории современной Киргизии ислам появился в XII веке. По преданию, первым проповедником новой религии был араб Абдулла, который со своим братом привел к намазу первых мусульман Ферганской долины. Местные жители до сих пор почитают могилу этого мусульманского святого.
Ислам получил наибольшее распространение в среде киргизской элиты, основная же масса кочевников в течение многих веков оставалась приверженной традиционным культам либо исповедовала религиозный синкретизм.
Веротерпимость местного населения способствовала мирному сосуществованию различных религий. Христианство сохраняло сильное влияние на протяжении более десяти веков: во времена Средневековья существовали целые города с преобладающим христианским населением. Основными проповедниками ислама были не мусульманские богословы, а странствующие дервиши, под влиянием которых киргизы становились не столько мусульманами, сколько личными почитателями шейхов, в которых они видели подвижников и чудотворцев.
К началу ХХ в. киргизы считались мусульманами, но они сохранили как бы промежуточное положение между так и не принявшими ислам монголами и калмыками. Киргизы были малорелигиозны, не фанатичны, имели в большинстве весьма смутное представление о Коране и сущности мусульманского учения, сохраняли приверженность традиционной обрядности и в повседневной жизни редко следовали предписаниям ислама. Для причисления к местному мусульманскому духовенству не требовалось специального духовного образования, деятельность местных мулл была сосредоточена в сфере бытовой обрядности.
Активную роль в деле включения населенных киргизами территорий в состав Российской империи сыграли российские мусульмане, в основном татары, игравшие роль переводчиков и советников русских военных и чиновников.
Присоединение к России существенно изменило религиозную ситуацию. Массовое переселение русских и украинских крестьян в 80-90-х гг. XIX в. привело к формированию в крае многочисленной православной общины. Распространение православия не вызвало трений с местным населением и каких-либо конфликтов на религиозной почве. Отсутствие межконфессиональных конфликтов объяснялось религиозной толерантностью киргизов, разумной политикой светских и церковных властей.
Представители российского правительства способствовали решению многих проблем местных жителей: в голодные годы они освобождали население от налогов и оказывали ему масштабную помощь продовольствием. В религиозной сфере проводилась политика подчеркнутой веротерпимости и даже покровительства местным мусульманам. Были сохранены и не облагались налогом все доходы мусульманского духовенства, государство неоднократно выделяло крупные средства на удовлетворение религиозных нужд мусульман, на восстановление старинных мечетей и медресе, оплатило издание Корана. В свою очередь, и мусульмане делали щедрые пожертвования на строительство церквей, оказывали поддержку терпевшим нужду переселенцам.
Наилучшие отношения между православным и исламским духовенством основывались на договоренности, согласно которой все местное население считалось мусульманским, а русские и украинские переселенцы - прихожанами Православной Церкви.
Обострение религиозной ситуации в крае начинается во время Первой мировой войны. В середине 1916 г. резкое увеличение налогов и податей, указы о принудительной мобилизации на тыловые работы в прифронтовых районах привели к массовым волнениям мусульман. Лишь к январю 1917 г. царским властям с большим трудом удалось подавить вооруженные выступления скотоводов и дехкан в разных частях Центральной Азии. В сложной ситуации мусульманское духовенство не поддержало восстание и сохранило лояльность царскому правительству.
Кризис российской государственности способствовал дестабилизации ситуации в Центральной Азии. Мусульманское духовенство рассматривало власть монарха как освященную Богом и Кораном и отнеслось к свержению монархии в феврале 1917 г. отрицательно. Для мусульманских лидеров легитимность Временного правительства была очень сомнительной. Однако они не выступили против него, так как на местах власть продолжала оставаться в руках старого чиновничества и налаженные связи между русской администрацией и местной элитой продолжали функционировать. Однако после свержения монархии начинается активный процесс политизации ислама, ясно проявившийся в сентябре 1917 г., когда на съезде туркестанских и казахских мусульман была создана единая партия "Союз мусульман".
Новая смена власти в России в октябре 1917 г. была воспринята в Центральной Азии как прямая угроза местному укладу жизни и самому существованию мусульманской элиты. В ноябре 1917 г. начинается период двоевластия. Одновременно действовали большевистский Совнарком Туркестанского края и созданная на Всетуркестанском съезде мусульман "Кокандская автономия", в которой ислам был провозглашен государственной религией.
"Кокандская автономия" располагалась в Ферганской долине, издавна являвшейся в крае оплотом ислама. В то время здесь насчитывалось 382 мечети, 42 медресе и 6 тысяч мусульманских духовных лиц (Р.Г. Ланда. Ислам в истории России. М., 1995, с.191). Ее лидеры выступали под исламскими лозунгами: восстановление Кокандского ханства и создание на территории Туркестана единого Среднеазиатского халифата, возрождение шариатских судов и т.п.
Все попытки объединения местного населения для борьбы против большевиков под исламскими и пантюркистскими лозунгами закончились неудачей. Большевикам удалось противопоставить "реакционным баям и муллам" мусульманскую бедноту. В декабре 1917 г. они провели Туркестанский съезд мусульманских рабочих, затем создали Союз трудящихся мусульман. Как и во всей России, местное население оказалось расколотым не по этноконфессиональному, а по социальному принципу.
В начале 1920-х гг. большевики использовали внутреннюю раздробленность исламской оппозиции и установили советскую власть в Средней Азии. Однако добиться стабилизации региона не удавалось еще долгое время, там продолжали действовать вооруженные отряды басмачей, называвших себя "Армией ислама".
После укрепления советской власти в Средней Азии началось насаждение коммунистической идеологии и воинствующего атеизма. Ислам, православие и другие религии были объявлены реакционными пережитками, духовенство подвергалось систематическим репрессиям, многие его представители были расстреляны. В конце 1920-х гг. на территории Киргизии власти начинают массовое закрытие мечетей и медресе, проводят политику искоренения мусульманского и обычного права из общественной и повседневной жизни.
В православных приходах закрытие и уничтожение храмов началось еще раньше - в 1920 г. Активными сторонниками советской власти стали "обновленцы", захватившие большинство оставшихся храмов. Опираясь на поддержку властей, они расправлялись со своими оппонентами - "контрреволюционными тихоновцами". Для противодействия "обновленцам" местные православные создали в 1923 г. "Союз церковных приходов", который возглавили находившиеся в туркестанской ссылке архиереи РПЦ. Показательно, что представители православного духовенства иногда и сами бежали в этот край, где репрессии были не такими жестокими, как в центральных областях. Местные мусульмане проявляли сочувствие к ссыльным, даже скрывали священников, рискуя собственной жизнью. В предвоенные годы во всей Средней Азии оставался только один действующий православный храм - Покровский собор в Самарканде.
В конце 1940-х гг. Киргизия превращается в место ссылки религиозных сектантов из западных областей Украины и Белоруссии, Бессарабии, Северной Буковины и Прибалтики. Вместе ними в страну приходят "Свидетели Иеговы", ряд направлений пятидесятничества (христиане веры евангельской, мурашковцы, субботствующие пятидесятники и др.), а также значительно пополняются ряды местных баптистов и адвентистов. В местах своего нового вынужденного проживания сектанты продолжают вести проповедь собственных вероучений. Наибольшего влияния они добились в славянской части населения, и их успеху в значительной степени способствовала репрессивная политика по отношению к РПЦ, значительно ослабившая влияние Церкви.
После Отечественной войны власти несколько смягчили свою политику по отношению к РПЦ. В начале 1950-х гг. число приходов Ташкентской и Среднеазиатской епархии достигло 66. Однако во второй половине 1950-х гг. политика по отношению к Церкви вновь ужесточается, большая часть храмов закрывается. Лишь в конце 1980-х гг. происходит оживление церковной жизни и начинается быстрый рост числа православных приходов (к 1990 г. их было 56).
В течение советского периода в Киргизии произошло значительное ослабление позиций ислама и православия. В конце советской эпохи исламское духовенство оказалось не в состоянии смягчить противоречия внутри мусульманской общины, предотвратить погромы турок-месхетинцев и межэтнические столкновения в Ферганской долине.
В отличие от институционального ислама народный, связанный с повседневной жизнью ислам сохранил важное значение в киргизском обществе. На протяжении советского периода он продолжал выступать как средство самоидентификации и как одна из составных частей народного образа жизни.
К моменту распада СССР в Киргизии сложились благоприятные условия для деятельности сторонников радикального ислама, а также различных сект и новых религиозных движений. Судьба Киргизии во многом зависит от того, насколько успешным будет решение сложных конфессиональных проблем.