Петр I, ведя борьбу со шведами за выход России к Балтийскому морю в 1703 г., тогда же заложил новый город в устье Невы. После переселения царского двора из Москвы в Санкт-Петербург на Адмиралтейском острове возник "форштадт" (поселение за городской чертой), который в основном населяли немцы и голландцы. Его назвали "Немецкой слободой". Немцы-лютеране и голландцы-реформаты, жившие там, вскоре образовали приход. Местом собрания этого прихода первоначально был зал в доме вице-адмирала Корнелия Крюйса. В то время дом этот стоял на месте здания Зимнего дворца.
Богослужения в домовой церкви Крюйса совершал пастор Вильгельм Толле (1674-1710). Один из немецких авторов, побывавший в те годы в Санкт-Петербурге, сообщает: "Первым пастором в этой церкви был немец из Геттингега, уроженец курфюршества Ганновер. Его звали Вильгельм Толле, он был благочестивым и ученым мужем, знавшим 14 языков и обычно читавшем проповеди на немецком, голландском или финском". Незадолго до своей кончины пастор обратился с письмом к галльскому профессору Августу Герману Франке, чтобы тот направил в Петербург кандидата в пасторы. В декабре 1710 г. на берега Невы приехал Гейнрих Готтлиб Нацциус из Вислебена, который стал пастором лютеранской общины.
К 1719 г. число прихожан увеличилось настолько, что старая церковь оказалась тесной. Богослужения стали проводиться в новом доме Крюйса на углу набережной Мойки и Большой Першпективной дороги (ныне Невский проспект). Но это являлось лишь временным выходом из положения. Было решено собрать достаточную сумму на постройку каменной церкви. Для этого увеличили пожертвования так называемыми корабельными деньгами, т.е. для содержания храма и пасторов стали брать пошлину пять рублей с каждого прибывавшего в гавань иностранного судна.
В 1727 г. император Петр II подарил общине участок земли для сооружения новой лютеранской церкви на "Невской першпективе" между Большой и Малой Конюшенными улицами. Сам Петр II пожертвовал на постройку одну тысячу рублей. Но так как денег для постройки было все-таки недостаточно, решили обратиться за помощью к немецким королям и князьям. Из Германии было получено 3500 рублей, всего же тогда собрали 15 тыс. рублей. Новая церковь была освящена 14(25) июня 1730 г., в день двухсотлетнего юбилея Аугсбургского исповедания - первого документа, в котором формулировались основные положения лютеранства. Первое богослужение совершил пастор Нацциус, оставшийся затем в Петербурге и скончавшийся здесь же в 1751 г.
В эпоху правления Анны Иоанновны позиции лютеран в Петербурге упрочились, императрица подарила одну тысячу рублей на орган. Однако Петрикирхе была построена на территории тогда еще настолько пустынной, что ее пастор, обращаясь к государыне, писал: "Опасаюсь недостатка в воде, злоумышленников, убийц, воров и разных превратностей, случающихся обыкновенно с тем, кто живет далеко от своих соседей".
Петрикирхе стала главным духовным центром для немцев-лютеран Петербурга. В ее стенах крестили, венчали, отпевали. В записках немецкого историка Иоганна Готлиба Георги сообщается о том, как проводился сбор пожертвований на церковные нужды. По его словам, лютеранские приходы должны были "пещись о соблюдении церквей в хорошем состоянии и доставлении всех нужных к тому денег из складчин, которые около нового года во всяком приходе особливо собираемы бывают; из найма церковных домов и мест; из доходов погребальных и с кораблей, из коих каждый платит по 5 рублей и пр".
Благоволение лютеранской церкви Святого Петра оказывала и императрица Екатерина II. Она подарила этой церкви три тысячи рублей; ее сын великий князь Павел Петрович - одну тысячу рублей. Петрикирхе всегда была самой богатой из всех лютеранских храмов в Петербурге". В записках И.Г. Георги уделяется особое внимание этому приходу, "который по сие время есть знатнейший изо всех иностранных приходов здесь находящихся. При оном имеется два священника; ежегодно крестят около 250 младенцев, столько же почти погребают и около двух тысяч в ней причастников".
В начале 1832 г. был объявлен конкурс на создание проекта нового здания церкви святого Петра. Лучшим был признан проект Александра Павловича Брюллова, брата знаменитого живописца. Здание возвели в 1833-1838 гг. на прежнем месте - в глубине участка между двумя домами, фасады которых находились на линии Невского проспекта.
22 октября 1878 г. состоялось торжественное празднование 150-летия Петрикирхе. Всего в нем приняли участие около 8 тыс. человек. К этому времени паства прихода Петрикирхе насчитывала 16 тыс. человек. За истекшие 150 лет здесь потрудились более 20 пасторов.
Церковь оставалась действующей до декабря 1937 г. Официально ее закрыли по постановлению от 2 марта 1938 г., принятому советскими властями. С этого времени все украшения, представлявшие художественную ценность, стали вывозиться в Эрмитаж. Бесследно исчез крупнейший в городе орган фирмы "Валкер". В 1958 г. началось переоборудование здания храма под плавательный бассейн, что повлекло за собой перестройку интерьера и гибель остатков росписей.
На протяжении многих лет не могло быть и речи о возвращении верующим здания Петрикирхе. Лишь 1 июля 1992 г. Петросовет утвердил решение Комиссии по имуществу о передаче здания церкви немецкой лютеранской общине. 31 октября 1992 г., в день Реформации, в церкви Святого Петра было совершено первое богослужение, которое провели пасторы общины Франк Лотихиус и Карл Калнинь.
Когда в 1992 г. здание храма было возвращено Евангелическо-Лютеранской Церкви, процесс его интенсивного разрушения прогрессировал. Совместно с немецкими специалистами была разработана схема реставрационных работ, первым и основным этапом которой являлось сооружение перекрытия над чашей бассейна. Это должно было приостановить процесс отклонения стен от основной оси.
16 сентября 1997 г. состоялось освящение главного церковного зала храма. Это торжество возглавил епископ Евангелическо-Лютеранской Церкви России и других стран СНГ Георг Кречмар. Первый этап реставрации храма, начатый после возвращения его верующим, близится к завершению. В настоящее время церковь Святого Петра является кафедральным собором Евангелическо-Лютеранской Церкви Санкт-Петербурга.