История началась на заре XX века с частной коллекции чучел, в XXI вылилась в один из немногих в мире и единственный в России музей эволюции. В 1907 году Александр Федорович Котс возглавил кафедру эволюции и дарвинизма на московских Высших женских курсах и принес в зоологическую лабораторию курсов собранную на собственные средства коллекцию экспонатов. Именно эта коллекция и послужила началом для долгой работы по созданию музея. Сегодня Дарвиновский музей представляет собой сочетание живописи, графики, скульптуры с естественно-научными экспонатами. Александру Котсу, основателю музея, было важно, чтобы специальный музей эволюционной теории имел принципиально новое оформление, представляющее собой союз науки и искусства. Он мечтал, чтобы у биологии была своя Третьяковка. Для воплощения этого замысла он привлек бескорыстных и влюбленных в свое дело людей, среди которых были его жена Надежда Ладыгина-Котс и молодой художник Василий Ватагин.
Вот уже целый век продолжается работа по накоплению уникальных экспонатов, и сейчас музей обладает богатейшим собранием – от чучел животных и птиц до анималистической живописи, от книг XVI века до мемориальных предметов.
К 100-летнему юбилею вышла книга «Государственный Дарвиновский музей», которая подробно описывает всю вековую историю музея. Издание иллюстрировано фотографиями из личного архива Котса, также в книге представлены описание и ознакомительные фотографии коллекций, находящихся сегодня в экспозиции. Завершает книгу рассказ о научно-исследовательской, фондовой и просветительской деятельности музея.