В конце октября 2000 г. произошло важнейшее событие в жизни православных Эстонии: с официальным визитом эту страну посетил Патриарх Константинопольский Варфоломей. Визит продолжался меньше недели, с 26 октября по 1 ноября, но значение этого события столь огромно, что оно может быть признано важнейшим в истории православия в Эстонии после 1923 г.
Визит предусматривал встречу с президентом Леннартом Мери, эстонская сторона придала визиту константинопольского первосвященника большое значение и сравнила его по значению с визитом Папы Римского. Незадолго до визита президент издал указ о награждении Патриарха Варфоломея орденом "Крест Маарьямаа", высшим знаком отличия, который может быть вручен иностранцу.
До сих пор эстонские власти не желают регистрировать приходы, относящиеся к канонической юрисдикции (Московской Патриархии), несмотря на то что таких приходов большинство. Приходы, принадлежащие к юрисдикции Константинопольского Патриарха, созданы в Эстонии только в 1996 году, но власти их охотно регистрируют, передавая им имущество, бывшее в собственности РПЦ. Особая болезненность ситуации для РПЦ заключается в том, что Алексий II родился, вырос и начинал свое служение именно в Эстонии.
Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата в лице пресс-службы архиепископа Таллинского и Эстонского Корнилия не была извещена о готовящемся визите и узнала об этом от Эстонской лютеранской церкви. После этого ЭПЦ МП выступила с заявлением, в котором отмечается: "Ни сам предстоятель нашей Эстонской Православной Церкви, ни духовенство, ни народ нашей Поместной Церкви не примут участия в мероприятиях визита Патриарха Варфоломея".
Как известно, православные общины на территории современной Эстонии на протяжении семи столетий находились в составе РПЦ. Ее заботами и усердием были построены на этой земле все православные храмы.
Но в 1923 году Патриарх Константинопольский Мелетий, воспользовавшись тяжелым положением Православной Церкви в России, провозгласил юрисдикцию Константинопольского Патриархата на территории независимой Эстонии, преобразовав Эстонскую Автономную Православную Церковь (которой РПЦ предоставила автономию в 1920 г.) в Эстонскую Митрополию Константинопольского Патриархата.
В 1935 году Православная Церковь в Эстонии получила гражданскую регистрацию с наименованием "Эстонская Апостольская Православная Церковь" (ЭАПЦ), в Уставе которой ничего не говорилось о подчинении Константинополю, представители которого после 1923 года даже не посещали Эстонию.
В июне 1940 года расширенный Синод ЭАПЦ принял решение о преобразовании в Эстонскую епархию РПЦ.
После того как Московская Патриархия провозгласила автономию эстонского православия, Собор Эстонской Православной Церкви 29 апреля 1993 года принял решение руководствоваться в церковной жизни приходов в Эстонии Уставом ЭАПЦ от 1935 года. Это решение единодушно принято всеми участниками Собора. Однако группа нескольких клириков вскоре заявила о своей принадлежности к зарубежной церковной структуре ЭАПЦ с центром в Стокгольме.
11 августа 1993 года был зарегистрирован "Устав Эстонской Апостольской Православной Церкви" (от 1935 года), поданный от имени зарубежного Стокгольмского "Синода ЭАПЦ", и этой структуре были переданы права на всю церковную собственность. Так был спровоцирован церковный раскол в Эстонии.
20 февраля 1996 года Патриарх Варфоломей издал "Деяние" о восстановлении Томоса Патриарха Мелетия IV от 1923 года и об учреждении на территории Эстонии "Автономной Православной Эстонской Митрополии". В церковное общение была принята раскольничья группировка, возглавляемая запрещенными в священнослужении клириками.
23 февраля 1996 года в ответ на односторонние и неправомерные действия Патриарха Варфоломея Священный РПЦ признал "данную акцию раскольнической, вынуждающей нашу Церковь приостановить каноническое и евхаристическое общение с Константинопольским Патриархатом".
К визиту Патриарха Варфоломея в Эстонию была приурочена не имеющая канонического прецедента акция - издание Константинополем Акта о канонизации епископа Ревельского Платона, эстонского иерарха РПЦ, чин канонизации был торжественно совершен в храме Христа Спасителя в Москве 20 августа 2000 года, на котором присутствовала и делегация из Константинополя. Как известно, епископ Ревельский Платон принял мученическую смерть 14 января 1919 года, будучи викарием Рижской епархии РПЦ, и никогда не был клириком Константинопольского Патриархата.
В ходе своего визита в Эстонию на официальных встречах и в средствах массовой информации (в том числе в эстонской газете "Постимээс" от 27 октября) Патриарх Варфоломей заявил следующее:
1) заключенные в Цюрихе в мае 1996 года договоренности между двумя Церквами нельзя толковать как "решение, позволяющее существовать в Эстонии двум параллельным юрисдикциям";
2) приходы в юрисдикции Московского Патриархата в Эстонии должны подчиняться своей Поместной Церкви в форме "экзархии" (представительства) или подворий;
3) в Эстонии может быть только один митрополит или архиепископ с титулом "всея Эстонии", а при нем может быть "экзарх" (представитель) с приходами, подчиняющимися Русской Православной Церкви;
4) "у Московского Патриархата нет оснований добиваться права преемственности в Эстонии";
5) "ЭАПЦ Константинопольского Патриархата является правопреемной церковью в Эстонии, которая осуществляет руководство православием на всей территории страны";
6) "Московский Патриархат должен сместить со своего поста архиепископа Корнилия"...
В ответ на такие заявления Варфоломея 27 октября группа православных депутатов Рийгикогу (эстонского парламента) выступила с обращением к Патриарху Варфоломею, где сказано: "Мы надеялись, что ваш визит в Эстонию принесет благую весть о разрешении конфликта и воцарении мира между православными верующими. К сожалению, наши ожидания и надежды наших избирателей не оправдались".
Депутаты выразили озабоченность, что действия Константинопольского Патриарха приводят к "разделению православных по этническому признаку". В заключение парламентарии напоминают Варфоломею, что "дальнейшее нагнетание напряженности в межцерковном противостоянии может нанести непоправимый ущерб интересам Эстонии, ее народа, оказать влияние на судьбу нашей страны и ее интеграцию в европейские структуры".
Выступил с заявлением и архиепископ Таллиннский и всея Эстонии Корнилий: "Сегодня мы не можем присоединиться к зарегистрированной ЭАПЦ... Но и признать свою Церковь новообразованной структурой мы считаем недопустимым, поскольку это поставило бы наши приходы в несправедливое положение арендаторов собственных святынь и храмов у зарегистрированной государством Церкви в юрисдикции Константинополя". Однако константинопольская сторона отказывается вернуть полученные ею юридические права на историческое церковное имущество приходам Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата, которым это имущество (18 храмов и помещения церковного управления) веками принадлежало и фактически используется в настоящее время.
Митрополит Кирилл заявил, что в 1996 г. уже было прервано евхаристическое общение с Константинополем, но "затем был достигнут компромисс, болезненнейший компромисс: нахождение на одной территории двух юрисдикций, и под этот компромисс мы восстановили евхаристическое общение. А сегодня Константинополь ниспровергает эти договоренности. Так вот у меня вопрос к Константинополю: А что дальше? Мы что возвращаемся к ситуации до этого компромисса?"
Выражая свою поддержку Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата и ее предстоятелю, Патриарх Московский и всея Руси Алексий своим Указом от 6 ноября 2000 года возвел преосвященного архиепископа Таллинского и всея Эстонии Корнилия в сан митрополита.