17 апреля в 18.00 Сергей Юшенков выехал из здания Госдумы на служебной "Audi A6". Кроме депутата, в машине находились два его помощника и водитель.
18.40. Автомобиль депутата подъехал к дому # 13/2 по улице Свободы (в этом же доме располагается префектура Северо-Западного округа столицы). "Audi" проехала под аркой и остановилась у седьмого подъезда. В этот момент, как говорят очевидцы, во дворе дома появился "худенький, невысокий молодой мужчина, сам "черный" и одет в черное. В руке у него была то ли сумка, то ли целлофановый пакет".
18.41. Юшенков попрощался с водителем, вышел из машины и направился к подъезду.
18.42. Выезжая со двора, водитель заметил, как к Юшенкову подбежал мужчина и четыре раза выстрелил в него. В Юшенкова попала только одна пуля. Бросив пистолет Иж-71 с глушителем, киллер быстрым шагом вышел через сквер на улицу Свободы и скрылся на поджидавшем его автомобиле.
18.45. Помощники депутата вышли из машины, подошли к Сергею Юшенкову, потрогали пульс, зашли под козырек подъезда и стали звонить по мобильным телефонам. Водитель Сергея Юшенкова поднялся к нему в квартиру и сообщил о произошедшем жене и дочери депутата. Они вызвали милицию и "Скорую помощь".
18.49. К месту убийства подъехали первые наряды милиции. Несмотря на большое число людей, находившихся рядом с местом преступления, опрос свидетелей результатов не дал.
19.15. Собравшиеся во дворе дома соседи и журналисты говорят о странном мужчине, который за несколько минут до стрельбы появился во дворе дома на улице Свободы. Внимание он привлек одеждой (был одет не по погоде - в черный пуховик и теплую кепку) и необычным поведением: все время держал руки скрещенными на груди, спрятав ладони за борта распахнутой куртки.
19.35. На месте преступления работают следственные группы ГУВД Москвы и столичной прокуратуры, кинологи. На улицу Свободы приехали начальник ГУВД Москвы Владимир Пронин и начальник уголовного розыска столичного ГУВД Владимир Гордиенко.
21.35. В связи с убийством Сергея Юшенкова состоялось совещание руководящего состава МВД России. Решено создать штаб по раскрытию "резонансных" преступлений, связанных с убийствами известных людей. Штаб возглавил первый заместитель министра внутренних дел России, начальник криминальной милиции Рашид Нургалиев.