Совет по взаимодействию с религиозными объединениями при президенте РФ был создан в 1995 году в качестве консультативного органа, куда входят религиозные деятели наиболее крупных религиозных объединений России. Изменения, происходящие во властных структурах после прихода к власти Владимира Путина, затронули и эту структуру. 21 марта президент подписал распоряжение "О Совете по взаимодействию с религиозными объединениями при президенте Российской Федерации", призванное усовершенствовать его работу. Владимир Путин также утвердил новый состав совета.
Изменения затронули функции подразделений администрации президента. Деятельность совета отныне будет обеспечивать Главное управление внутренней политики президента РФ. Помимо этого важным шагом, который скорее всего понижает значимость совета, является удаление из его состава представителей федеральных министерств и ведомств. Странным выглядит отсутствие в совете персоны Андрея Протопопова, который возглавляет в администрации президента отдел по взаимодействию с религиозными организациями.
В целом в структуре совета произошли весьма значительные изменения. Прежде всего в его состав впервые вошел ряд крупных ученых. Коснулись изменения в составе совета и представителей некоторых конфессий. Например, из его состава удалены представители всех старообрядческих Церквей, кроме Белокриницкого согласия. Удаление из состава совета раввина Адольфа Шаевича и введение в него раввина Берл Лазара отражает окончательное закрепление лидирующих позиций Федерации еврейских общин России. При этом в составе совета остались представители конкурирующих между собой мусульманских объединений: председатель Центрального духовного управления мусульман России верховный муфтий Талгат Таджуддин и председатель Духовного управления мусульман Европейской части России муфтий Равиль Гайнутдин.