За годы независимости между Узбекистаном и Таджикистаном был введен визовый режим. Виза нужна и для въезда в Туркмению. По сообщениям СМИ, на границах между республиками нередки случаи провокаций, необоснованные отказы в пересечении границы гражданам, транспортным средствам и т.д. Высокий уровень правонарушений, вымогательство и коррупция – неполный список проблем. После того как Узбекистан вступил в ЕврАзЭС (организация, в которую входят Россия, Белоруссия, Казахстан, Киргизия и Таджикистан), появилась надежда на отмену визового режима и упрощение процедуры пересечения границ. Как известно, на пространстве ЕврАзЭС предполагается безвизовый режим взаимных поездок граждан. Но до сих пор этого не случилось. Более того, узбекская граница остается заминированной. В 2000 году Ташкент в одностороннем порядке заминировал границу с сопредельными странами, опасаясь проникновения боевиков Исламского движения Узбекистана (ИДУ), которые в 1999 и 2000 годах пытались проникнуть в Узбекистан. По экспертным данным, с 2000 года только на участке таджикско-узбекской границы произошло около 70 взрывов, в результате которых пострадали 155 граждан Таджикистана, из них 71 человек погиб и 84 были ранены. В числе пострадавших – 36 детей.
До сих пор процесс делимитации и демаркации границ в регионе не завершен. Имеется масса спорных территорий. Не решена проблема и анклавов. Их на территории Центральной Азии не менее десяти. Вопрос об узбекских анклавах на территориях Киргизии и Таджикистана является одной из причин напряженности в Ферганской долине, разделенной между тремя соседними государствами. Население долины преимущественно узбекское и таджикское.
В Туркмению можно попасть только при наличии визы. И если поначалу получить визу было довольно легко, то после того как Туркменбаши в 2000 году раскритиковал работу МИДа, в республику въехать стало значительно сложнее. Новое положение о въезде и выезде из Туркмении иностранных граждан предусматривает выдачу приглашений на посещение страны только центральным аппаратом МИДа. Межправительственными соглашениями, подписанными в 1999 году, жителям приграничных районов Узбекистана и Казахстана разрешен безвизовый въезд в прилегающие районы Туркмении сроком до 5 дней. При этом даже внутри страны перемещение граждан было ограничено. В Ташаузскую область республики при Туркменбаши можно было въехать только по специальному пропуску, выдаваемому полицией.
Около 20% границы между Узбекистаном и Туркменией остаются недемаркированными из-за нефтяного месторождения, которое находится на юге Чарджоуской области, и на него претендуют обе стороны.
Кроме внутренних границ между странами региона есть и внешние – с Китаем, Ираном и Афганистаном. Существовавшие территориальные проблемы Киргизии с Китаем и Таджикистана с Китаем решены. Китаю в 2002 году Киргизия передала территорию в 900 тыс. га в районе Узенги-Кууш. И в том же году Таджикистан передал Китаю 1 тыс. кв. км из 28 тыс. кв. км спорных территорий в районе Большого Памира.
Особую обеспокоенность вызывает афганская граница. После того как ее покинули российские пограничники, поток наркотиков в страны СНГ значительно возрос. Для жителей Таджикистана Афганистан и Иран – безвизовые страны.