Пограничный вопрос – один из самых болезненных для Киргизии. Республика граничит с Китаем, Узбекистаном, Таджикистаном и Казахстаном. Сейчас, по мнению профессора Киргизско-российского славянского университета Александра Князева, «горячей точкой является по большому счету вся линия киргизской государственной границы».
Границы республики охраняются слабо. По данным руководства погранслужбы, ведомство укомплектовано лишь на 26%. У небогатой страны не хватает средств на полноценное финансирование. Помогают другие государства. США главным образом дарит средства связи и оборудование, Китай – обмундирование, Россия – оружие и технику. Причем на парады и смотры пограничники предпочитают одеваться в американский камуфляж, а на службу – в российский.
В мае 2007 года власти Киргизии предложили вернуть российские пограничные войска для охраны южных границ страны. «Военный бюджет Киргизии не позволяет в полной мере прикрыть южные рубежи», – заявил спикер парламента Марат Султанов. Однако генсек ОДКБ Николай Бордюжа заявил, что время для подобных шагов уже ушло.
Наиболее серьезные пограничные проблемы у Киргизии – с Узбекистаном. До сих пор часть 1375-километровой границы (около 400 км) не делимитирована. Большинство спорных участков находится в самой густонаселенной (около 12 млн. человек) Ферганской долине. На ее территории расположены по три области Киргизии и Узбекистана и одна область Таджикистана.
После вывода российских пограничников в 1999 году здесь регулярно возникают скандалы, связанные с незаконным выпасом скота, вырубкой лесов, попытками провоза контрабанды, столкновениями между пограничниками разных стран. Серьезной проблемой являются минные поля, в одностороннем порядке установленные узбекской стороной на спорных территориях в 90-е годы. Власти Узбекистана отказываются предоставить Киргизии карты минных заграждений, в результате подрываются мирные жители. Между Узбекистаном и Киргизией существует визовый режим. Для жителей сопредельных селений имеется упрощенная процедура въезда.
Проблемной является и киргизско-таджикская граница протяженностью 630 км. Сейчас делимитирована только половина границы между Киргизией и Таджикистаном, при этом оставшаяся ее часть проходит через населенные пункты.
Сама киргизско-таджикская граница – одна из самых непопулярных мест службы из-за сложных бытовых и климатических условий. В результате зачастую служить туда отправляют неугодных, конфликтных солдат. Как результат – периодические инциденты с участием самих пограничников. К примеру, в январе 2007 года таджикские пограничники, находясь на киргизской территории, остановили машину губернатора Баткенской области Султана Айжигитова и, угрожая оружием, заставили его покинуть машину, заявив чиновнику, что «могут расправиться не только с ним, но и с президентом Киргизии».
Относительно спокойным является участок границы с Казахстаном, где делимитация была завершена в 2001 году. Соглашение, подписанное главами государств, парламент Казахстана одобрил еще в июле 2003 года. Однако оно до сих пор не ратифицировано парламентом Киргизии. Правда, обе стороны принимают меры по упрощению пересечения границ. Так, в эти дни на пограничном переходе «Ак-Жол–Кордай» проходит эксперимент по совместному контролю пунктов пропуска. Инциденты на киргизско-казахской границе редки и главным образом связаны с контрабандой. Из Киргизии в Казахстан контрабандой везут стройматериалы, продукты, китайский ширпотреб, наркотики, из Казахстана – спирт и горючее, муку и растительное масло.
На киргизско-китайской границе проблемы со спорными участками решены полностью. Урегулировать пограничные споры с Китаем удалось, отдав Поднебесной 30% спорной территории (около 100 тыс. га). Данное решение не нашло поддержки в киргизском обществе. До сих пор первого президента страны Аскара Акаева обвиняют в «разбазаривании исконно киргизской территории».
По мнению экс-главы киргизского МИДа Аликбека Джекшенкулова, для решения пограничных проблем в Центральной Азии у руководителей стран «не хватает политической воли, готовности идти на взаимные уступки. В странах нет профессионалов, которые могли бы заниматься данной проблемой».
Бишкек