Совет по взаимодействию с религиозными объединениями при президенте РФ был создан в 1995 году в качестве консультативного органа, куда входят религиозные деятели наиболее крупных религиозных объединений России, представляющих православие, старообрядчество, ислам, буддизм, иудаизм, католицизм, протестантизм различных направлений. Изменения, происходящие во властных структурах после прихода к власти Владимира Путина, затронули и эту структуру. 21 марта президент подписал распоряжение "О Совете по взаимодействию с религиозными объединениями при президенте Российской Федерации", призванное усовершенствовать его работу. Владимир Путин также утвердил новый состав Совета.
Изменения затронули функции подразделений администрации президента. Деятельность Совета отныне будет обеспечивать Главное управление внутренней политики президента РФ. Помимо этого важным шагом, который скорее всего понижает значимость Совета, является удаление из его состава представителей федеральных министерств и ведомств, в частности Министерства образования. Официально это сделано для того, чтобы избежать дублирования работы Совета и Комиссии по вопросам религиозных объединений при правительстве РФ. Однако главой Совета по взаимодействию остался руководитель администрации президента РФ Александр Волошин. Весьма странным выглядит отсутствие в Совете персоны Андрея Протопопова, который возглавляет в администрации президента отдел по взаимодействию с религиозными организациями. При этом один из его заместителей, Александр Кудрявцев, назначен секретарем Совета.
В целом в структуре Совета произошли весьма значительные изменения. Прежде всего в его состав впервые вошел ряд крупных ученых. Членами Совета стали известный религиовед Михаил Мчедлов, академик Ярослав Щапов, зав. кафедрой религиоведения Российской академии госслужбы Николай Трофимчук и другие представители ученого мира.
Коснулись изменения в составе Совета и представителей некоторых конфессий. Например, из его состава удалены представители всех старообрядческих Церквей, кроме Белокриницкого согласия. Удаление из состава Совета раввина Адольфа Шаевича и введение в него раввина Берл Лазара отражает окончательное закрепление лидирующих позиций Федерации еврейских общин России. При этом в составе Совета остались представители конкурирующих между собой мусульманских объединений: председатель Центрального духовного управления мусульман России верховный муфтий Талгат Таджуддин и председатель Духовного управления мусульман Европейской части России муфтий Равиль Гайнутдин.
После введения в состав Совета митрополита Липецкого и Воронежского Мефодия, в его работе будут принимать участие уже четыре митрополита Русской Православной Церкви (митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл и митрополит Солнечногорский Сергий).
Судя по всему, основной целью обновленного Совета станет выработка и принятие новой концепции церковно-государственных отношений. Эта концепция уже долгое время разрабатывается в Российской академии госслужбы под руководством нового члена Совета Николая Трофимчука. Знаковым представляется и то, что в новом Совете появилась фигура митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия, который является главным специалистом по данной проблеме в РПЦ.